Aan het eind van de dertiger jaren verkeerde de kerk in zo’n slechte staat dat er geen diensten meer konden worden gehouden. De klokken konden ook niet meer worden geluid omdat men bang was dat de toren zou instorten. De Leeuwarder Courant schrijft op 24 oktober 1938: “De oude kerk te Bozum is bouwvallig en moet gerestaureerd worden; de kosten worden op 100.000 gulden geraamd. De kerkvoogdij heeft uitgerekend, dat het bouwen van een nieuwe kerk 30.000 gulden zou kosten. Sommigen hebben nu de indruk, aldus het Friesch Dagblad (a.r), dat de kerkvoogdij wil zeggen: wij kunnen natuurlijk niet meer betalen, dan ons een nieuwe kerk zou moeten kosten. Wat er meer betaald wordt, is in geen geval voorziening in een gelegenheid voor den eeredienst, maar zuiver monumentenzorg. Dat is logisch geredeneerd aldus het a.r orgaan”. Daarbij stelt het Friesch Dagblad de vraag of een dergelijke restauratie gewenst is: is de vervanging van een oude door een nieuwe kerk wel zo’n enorm verlies. Dat geeft aanleiding tot diepgaande discussies waarbij vooral ds. J. Kalma, predikant in Hogebeintum, zich bijzonder inspant voor het behoud van de kerk. Gelukkig wordt in 1941 besloten dat de restauratie door zal gaan. Het rijk stelt, in verband met de grote architectonische en historische waarde van het gebouw, een verhoogd bedrag van 60.000 gulden beschikbaar. De gemeente Baarderadeel draagt 7.000 gulden bij en de provincie 20.000. De kerkelijke gemeente zorgt voor de rest. Architect S.G. Walinga uit Sneek wordt belast met de leiding van de restauratie. Het werk wordt in 1948 voltooid.
